В декабре 1842 года так же внезапно, как и Авраам, умерла его мать Леа, что не только разорвало основные семейные узы, но и тонкую нить, связывающую его с Берлином. И если боль утраты матери не была такой же сильной, как боль утраты отца, его образца и настоящего друга, то этот удар судьбы ощутимо ослабил его активность. В письмах тех дней сквозит усталое смирение, отсутствие жизнерадостности. Одновременно более заметной становится усталость. Виной тому было варварское отношение Мендельсона к своему здоровью в Берлине в прошедшем 1842 году. В письме Фердинанду Давиду от 20 августа 1842 года он писал: «В последние недели они меня загоняли до смерти». К тому же прибавилось руководство Нижнерейнским музыкальным фестивалем в Дюссельдорфе и его седьмая поездка в Лондон. При таких обстоятельствах можно только удивляться, что он еще нашел время закончить «Шотландскую симфонию», этот единственный в своем роде эскиз музыкальной ландшафтной живописи.

Постепенно он вернулся к будничной жизни Лейпцига, куда переехал с семьей в ноябре 1842 года. В письме к Мошелесу от 16 января 1843 года он попытался описать свое душевное состояние после смерти любимой матери 12 декабря. У него на душе все еще было так, как «у человека, блуждающего в темноте без дороги». В эту мрачную ситуацию внесли оживление некоторые радостные события. Так, 3 апреля была торжественно открыта консерватория в Лейпциге, художественное руководство которой было возложено на Мендельсона, а уже 23 апреля состоялось открытие памятника Баху перед церковью св. Томаса, для сооружения которого Мендельсон собирал финансовые средства на многих представлениях. И наконец, спустя несколько дней он получил звание почетного гражданина города «в знак признания высоких заслуг в музыкальном образовании Лейпцига и искреннего уважения».

Вторая половина 1843 года из-за раздвоенности между Лейпцигом и Берлином, требовавшей постоянных поездок туда и сюда, стала серьезным испытанием для Мендельсона, который должен был в промежутке «с раннего утра до позднего вечера сидеть за письменным столом и писать партитуры так, что у него пылала голова», как он писал в письме Ребекке от 29 октября 1843 года. Из-за такой почти невыносимой перегрузки он решил 25 ноября 1843 года снова переселиться в Берлин, где наряду с запланированными концертами Королевской государственной капеллы должен был взять на себя руководство церковным хором. Его музыкальная деятельность в Берлине на этот раз нашла лучший отклик; но вскоре возник неприятный конфликт с церковными властями, которые не принимали его взгляды в отношении смысла и содержания протестантской церковной музыки и принципиально выступали против всякого инструментального сопровождения во время церковной службы. Восьмая поездка в Англию в мае, где он дирижировал на шести концертах в Лондоне, представляла собой отличную возможность вырваться из удушливой, гнетущей атмосферы Берлина. После летнего отпуска, который он провел с семьей в Бад-Зодене у подножья Таунуса, где отдохнул от чрезмерного напряжения последнего времени, Мендельсон осенью 1844 года вернулся в Берлин, привезя с собой в багаже законченный этим летом концерт для скрипки в e-Moll.

До сих пор этот концерт остается самым любимым произведением скрипачей и публики.

Между тем, он принял окончательное решение порвать с прусской столицей и посвятить себя в ближайшее время творческой деятельности. Для этой цели он решил избрать местом жительства, примерно на один год, Франкфурт, где в качестве прусского генерального директора намеревался выполнять временные поручения и одновременно смотреть за «порядком» в Лейпциге. К сожалению, идиллия во Франкфурте была омрачена. Самый младший из пяти его детей, названный как и он Феликсом, опасно заболел, стал очень слабым и пережил своего отца только на несколько лет. Но и его собственное состояние здоровья было не лучше; он быстро уставал, не мог сосредоточиться, его все время мучили головные боли. Так как, по его мнению, «обманывать себя есть добродетель», то он обманывал себя и окружающих относительно своего состояния здоровья. Только сестре Ребекке он признался, когда она задала ему решительный вопрос: «Я сам, как ты знаешь, то, что ты во мне не знаешь; я с некоторого времени испытываю такую сильную потребность во внешнем покое (чтобы не путешествовать, не дирижировать, не исполнять), что я должен подчиниться ей. Так хочет Господь, так я и мыслю свою жизнь в этом году». Только сохранившееся чувство юмора помогало ему, несмотря на раздражительность и вспыльчивость, уживаться с людьми.

Мендельсон был иногда «объектом престижа», за который боролся не только король Пруссии, но и король Саксонии. Последнему, наконец, удалось через своего министра фон Фалькенштейна уговорить Мендельсона в середине августа 1845 года снова вернуться в Лейпциг. Недавно он был назначен руководителем концертов Гевандхауза и сохранил этот пост до самой смерти. Усилившаяся раздражительность и участившиеся головные боли способствовали тому, что его энергии и сил не хватало для выполнения принятых на себя обязательств, поэтому на многих концертах его замещал известный композитор Ниле Вильгельм Гаде. Мендельсон чрезмерно напрягался, и многосторонняя деятельность стала для него обузой. Его друг Фердинанд Девриент в своих «Воспоминаниях о Мендельсоне» дает наглядную картину этих дней: «Феликс всегда прилежен, по моему мнению, слишком напряжен, чтобы не вызвать озабоченность о выносливости его нервов. За эти два дня (имеется в виду февраль 1846 года. Прим. авт.), которые провел вместе с Феликсом, я отчетливо увидел изменения, произошедшие в его душевном настроении. Цветущая молодая радость уступила место раздражению и огромной усталости, которая отражает вещи иначе, чем обычно. Управление концертами, все дела, связанные с этим, Представляют невыносимую нагрузку. Консерватория уже не радовала его, он передал преподавание фортепьяно Мошелесу».

Действительно, странную неутомимость Мендельсона после некоторой разрядки во Франкфурте, как и усиленную «тягу к деятельности» трудно понять. Может быть, причиной этого деятельного беспокойства был неосознанный страх смерти, от которого он спасался бегством в кипучую деятельность. Было бы заблуждением считать предчувствием смерти медленные части его струнного квартета в B-Dur op. 87, законченного в июне 1845 года, похожие на ритмы бьющегося сердца. Однако если в нем не были ярко выражены юношеский пыл и энтузиазм, которые помнили его друзья, то нельзя считать Мендельсона убежденным пессимистом или выдохшимся художником. Он все еще мог быть очаровательным и остроумным, как и прежде, как, например, 4 декабря 1845 года на концерте в Гевандхаузе, когда аккомпанировал на рояле «шведскому соловью» Дженни Линд, с которой познакомился в прошлом году в Берлине. Когда после бурных оваций она хотела сказать несколько слов благодарности публике, то в смущении обратилась к Мендельсону и попросила его сделать это вместо нее. Мендельсон вышел со знаменитой певицей рука об руку к толпе зрителей и ограничился следующими словами: «Не подумайте, что я Мендельсон; я сейчас фрейлейн Линд и благодарю вас за приятный сюрприз. И после того как я выполнил это почетное поручение, я снова стал лейпцигским музыкальным директором и как таковой провозглашаю: „Да здравствует фрейлейн Линд!“» Он назвал ее великой певицей, которую когда-либо встречал, она же видела в нем человека с самыми благородными талантами, к которому питала теплые чувства. С тех пор как Мендельсон услышал Дженни Линд в опере, в нем пробудились его старые оперные планы, но ни один из них не будет реализован.

Несмотря на многочисленные обязанности в качестве директора, дирижера и пианиста, он и во время сезона продолжал интенсивную композиторскую деятельность. Прежде всего, прилагая все свои силы, он работал над окончанием «Илии» но Альфреду Эйнштейну, самой большой ораторией XIX века. При такой огромной занятости он взял на себя также руководство музыкальным фестивалем в Аахене, а кроме того согласился принять участие в празднике песни в Кельне, для которого срочно должен был написать музыку. Он писал Клингеману 15 апреля: «Можешь себе представить, как мне становится иногда тяжело», и в конце июня были написаны далеко не все части «Илии», предназначенной для музыкального фестиваля в Бирмингеме. Своей сестре Фанни он писал в письме от 27 июня, которое отражает бурную, изнурительную деятельность тех недель: «Таких загруженных работой недель как эти, у меня еще не было; ложусь спать всегда в полночь или в час ночи, а уже около шести на ногах, и с половины седьмого снова начинаются „хлопоты“ и продолжаются до полуночи или часу ночи». Наконец, 26 августа 1846 года состоялась премьера «Илии», о котором Мендельсон с восторгом писал своему брату: «Еще никогда первое исполнение моего произведения не проходило так превосходно и не было так восторженно принято музыкантами и публикой, как эта оратория. Все три с половиной часа, которые она продолжалась, большой зал с двумя тысячами слушателей, весь оркестр, все были в таком напряжении, что не было слышно ни единого шороха; и я смог с огромным оркестром, хором, органом играть так, как я хотел». На этом празднике прозвучали также «Мессия» Генделя, «Сотворение мира» Гайдна и «Торжественная месса» Бетховена. «Илию» Мендельсона следует рассматривать в традициях и ранге этих произведений. Исследователи музыки хотят видеть в «Илии» автобиографический элемент и полагают, что Мендельсон в этом пророке видел и играл себя. Подобным образом высказывались также близкие друзья мастера, которые пытались интерпретировать арию «Es ist genug» («Довольно») как смирение, означающее признание Мендельсоном убывающих жизненных сил.